畜牧系統(tǒng)工程的實(shí)踐證明，研究解決復(fù)雜的畜牧工程問題應(yīng)遵循六項(xiàng)基本原則，即輸出無害原則，整體最優(yōu)原則，結(jié)構(gòu)第一原則，組裝配套原則，起點(diǎn)非零原則和實(shí)踐為上原則。離開這些指導(dǎo)原則，往往會(huì)導(dǎo)致畜牧系統(tǒng)工程運(yùn)用的失敗。

一、輸入無害原則

由于系統(tǒng)和環(huán)境的密切關(guān)系，它們彼此相互影響和相互制約。畜牧系統(tǒng)類似“轉(zhuǎn)化器”，不斷地將環(huán)境輸入的物質(zhì)、能量、信息，經(jīng)過系統(tǒng)內(nèi)部的轉(zhuǎn)化，在建造和完善系統(tǒng)本身的同時(shí)，也不斷向環(huán)境輸出物質(zhì)、能量和信息。在輸出過程中要注意有害輸出.如共廢、污染等。

二、整體最優(yōu)原則

整體性原則是畜牧系統(tǒng)工程的核心。在考察和評價(jià)畜牧系統(tǒng)功能時(shí)，要把整體性原則放在首位，局部最優(yōu)不等于整體最優(yōu)。有時(shí)為了整體最優(yōu)，寧可放棄局部最優(yōu)。強(qiáng)調(diào)整體最優(yōu)，并不意味著可以忽視局部最優(yōu)，而是強(qiáng)調(diào)在整體最優(yōu)的控制下，逐步協(xié)調(diào)實(shí)現(xiàn)局部優(yōu)化的間題。

三、結(jié)構(gòu)第一原則

結(jié)構(gòu)決定功能，是系統(tǒng)工程基本原理之一。所謂結(jié)構(gòu)是指系統(tǒng)內(nèi)部各子系統(tǒng)之間，各元素之間在空問或時(shí)間上的組織形式以及它們相互之間的關(guān)系。而系統(tǒng)功能則體現(xiàn)一了系統(tǒng)與外部環(huán)境之間在物質(zhì)、能量，信息的輸入與輸出的方面的交換關(guān)系。結(jié)構(gòu)與功能的關(guān)系是對立統(tǒng)一的，它們既相互依存，又具有相互獨(dú)立性。在畜牧系統(tǒng)工程中，研究評價(jià)和解決任何系統(tǒng)問題時(shí)，第一位應(yīng)該考慮系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)問題。也就是說，首先從結(jié)構(gòu)問題入手，來解決畜牧系統(tǒng)問題。

四、組裝配套原則

組裝配套原則是指在畜牧系統(tǒng)工程的開發(fā)活動(dòng)中，要充分利用國內(nèi)外一切現(xiàn)成的單項(xiàng)先進(jìn)科技成果，在滿足目標(biāo)要求和結(jié)合客觀實(shí)際的前提下，從中選優(yōu)，合理組裝、配套。

五、起點(diǎn)非零原則

所謂起點(diǎn)非零原則是指：一切現(xiàn)實(shí)畜牧系統(tǒng)都不是從零開始的。在設(shè)計(jì)、評價(jià)畜牧系統(tǒng)時(shí)一是要注意畜牧系統(tǒng)的歷史發(fā)展過程；二是在設(shè)計(jì)和改造畜牧系統(tǒng)時(shí)，不能進(jìn)行理想化的假設(shè)和完全照搬外地成功模式。因?yàn)槿魏我粋€(gè)農(nóng)業(yè)系統(tǒng)包括畜牧系統(tǒng)在內(nèi)，都是幾千年來在自然環(huán)境、社會(huì)環(huán)境、經(jīng)濟(jì)環(huán)境、政治環(huán)境、文化環(huán)境的作用下演變和發(fā)展形成的客觀系統(tǒng)。這就要求人們必須面對客觀現(xiàn)實(shí)，因地制宜，揚(yáng)長避短，有的放矢地處理畜牧系統(tǒng)問題。

六、實(shí)踐為主原則

畜牧系統(tǒng)實(shí)踐為主的原則包含兩個(gè)方面的內(nèi)容，一為問題導(dǎo)向原則，根據(jù)問題確定研究方法，而不是用固定的方法去套問題，二為不可代替原則，即不能用系統(tǒng)模型的優(yōu)化解代替實(shí)施結(jié)果。就是要從實(shí)際出發(fā)，用實(shí)踐結(jié)果來檢驗(yàn)畜牧系統(tǒng)的活動(dòng)。在實(shí)踐中，遇到問題時(shí)，先不要急于尋找解決問題的方法，而是力求全面正確地認(rèn)識(shí)問題，然后再充分利用自己的知識(shí)和經(jīng)驗(yàn)看是否有現(xiàn)成的方法，如果沒有，則要想辦法創(chuàng)造適合面臨問題的新方法去解決問題。這就是問題導(dǎo)向原則。另一方面，有時(shí)存在一種急于求成的現(xiàn)象，在處理復(fù)雜的農(nóng)業(yè)系統(tǒng)問題時(shí)，常常以建立的優(yōu)化模型和計(jì)算的優(yōu)化結(jié)果為依據(jù)，發(fā)表論文，鑒定成果，好像問題就此解決了，但常常會(huì)出現(xiàn)優(yōu)化模型和計(jì)算機(jī)模擬結(jié)果與系統(tǒng)的實(shí)施運(yùn)行結(jié)果差距很大，二者是不可完全代替的，這就是不可代替原則。